Cari i parë rus jo nga familja Rurik, Boris Godunov, vdiq në moshën 53 vjeç, më 13 Prill 1605. Vdekja e tij është e mbështjellë me sekrete dhe deri më sot historianët argumentojnë nëse vdekja e tij ishte e natyrshme apo e dhunshme.
Dokumentet e Kronikës tregojnë se ditën e vdekjes së tij Godunov dukej i shëndetshëm, darkonte me oreks të madh dhe u ngjit në kullën nga e cila donte të studionte Moskën. Pastaj ai zbriti nga ajo, duke u ndjerë i sëmurë. Mjeku i thirrur në car nuk mund të bënte asgjë, carit i doli gjak nga veshët dhe hunda, së shpejti Godunov ishte zhdukur.
Siç shkruajti një nga përfaqësuesit e ambasadorit anglez Thomas Smith, i cili ishte në atë moment në oborrin e autokratit rus, cari ndjeu, përveç përzierjes dhe dhimbjes në stomak, dhe vdiq para se të vinte mjeku.
Vdekja e papritur e Boris Godunov, dhimbjet e stomakut japin arsye për të dyshuar se cari ishte helmuar. Vdekja e tij ishte e dobishme, para së gjithash, për pasuesit e False Dmitriut I, trupat e të cilit po i afroheshin Moskës në atë kohë.
Midis njerëzve ishte gjithashtu një thashethem se cari vetë u helmua në një dëshpërim të shkaktuar nga jopopulloriteti i tij midis njerëzve, uria në vend dhe okupimi i tij nga polakët.
Duke ditur temperamentin e Borisit, karakterin e tij, dëshirën për pushtet suprem, për të cilin ai ishte gati për çdo gjë (ai u akuzua për helmimin e Ivanit të Tmerrshëm, vrasjen e Tsarevich Dmitry, birit të Ivanit IV) dhe që ai e arriti, duke u bërë de sundimtari facto i Rusisë nën Fedor Ivanovich, ju mund të dyshoni në versionin e vetëvrasjes së Godunov. Populli rus, mendimi i tij për carin, ka shumë të ngjarë të ishte indiferent ndaj autokratit. Përparimi i polakëve në të gjithë vendin nuk mund ta frikësonte as carin, sepse kishte periudha edhe më të këqija në historinë ruse, le të kujtojmë, për shembull, pushtimin e mongol-tatarëve në Rusi.
Nuk duhet harruar se Godunov ishte shpesh i sëmurë kohët e fundit dhe vdekja e tij mund të ishte rezultat i një sëmundjeje të gjatë të autokratit.
