Në janar 2006, Forca Ndërkombëtare e Ndihmës së Sigurisë (ISAF) u vendos në Afganistan për të ndihmuar ushtrinë e SH. B. A.-së dhe Mbretërisë së Bashkuar në luftën kundër talebanëve paramilitarë islamikë. Qeveria amerikane akuzoi Talibanët për strehimin e kreut të al-Kaidës, Osama bin Laden, dhe kërkoi ekstradimin e tij. Udhëheqja e Talibanëve refuzoi të përmbushte këtë kërkesë, duke thënë se Shtetet e Bashkuara nuk siguruan prova të fajit të Osama në sulmet e 9/11/2001.
Në fund të vitit 2001, struktura ushtarake e Talibanëve u shkatërrua praktikisht dhe rezistenca e mbështetësve të saj mori formën e një lëvizje guerile. Vendet perëndimore kanë investuar shumë në zhvillimin e demokracisë dhe strukturën sociale të Afganistanit. Në 2004, zgjedhjet e para presidenciale të vendit u fituan nga Hamid Karzai, një politikan i cili është besnik sa duhet ndaj Perëndimit. Sidoqoftë, rezistenca e mbështetësve të Talibanëve nuk arriti të shtypet. Guerilasit luftuan ashpër pavarësisht epërsisë dërrmuese ushtarake të ISAF.
Franca, si anëtarët e tjerë të aleancës, pësoi humbje në pajisje dhe fuqi punëtore. Gjatë 10 viteve të luftës në Afganistan, 83 ushtarë u vranë dhe disa herë më shumë u plagosën. Vendimi për të përfshirë Francën në operacionin ushtarak nuk ishte shumë i popullarizuar në mesin e popullatës dhe raportet e viktimave midis ushtarëve francezë rritën pakënaqësinë me qeverinë.
Më 20 janar 2012, në provincën Kapisa, një burrë me një uniformë të ushtrisë afgane qëlloi 4 dhe plagosi 16 ushtarë francezë. Pas kësaj, Nicolas Sarkozy (Presidenti francez nga 2007 në 2012) tha se meqenëse qeveria afgane nuk mund të garantojë sigurinë e trupave franceze, Franca po pezullon praninë e saj ushtarake në atë vend. Sarkozy premtoi të tërheqë trupat nga Afganistani në fillim të vitit 2014.
Në 2012, François Hollande u zgjodh President i Francës, i cili njoftoi një plan të ri për t'u tërhequr nga Afganistani. 2,000 ushtarakë do të tërhiqen deri në fund të vitit 2012, 1,400 mbeten si instruktorë dhe për të ruajtur objektet shoqërore. Presidenti e shpjegoi vendimin e tij me faktin se rreziku nga terroristët është zvogëluar, demokracia është forcuar dhe vendi duhet të zhvillohet në mënyrë të pavarur. Kreu i republikës premtoi se Franca do të vazhdonte të mbështeste Afganistanin, por në një formë tjetër.
