Sot, një pjesë e konsiderueshme e ujit sipërfaqësor të tokës është e ndotur dhe është duke u bërë gjithnjë e më e vështirë për të gjetur ujë të pijshëm, të pastër. Dëmi më i madh në gjendjen e mjedisit ujor është shkaktuar nga aktiviteti ekonomik i njeriut.
Substancat që ndotin trupat ujorë hyjnë në mjedisin ujor si nga burimet antropogjene ashtu edhe nga ato natyrore. Këto të fundit përfshijnë shkatërrimin e shkëmbinjve, aktivitetin vullkanik dhe produktet e mbetjeve të organizmave ujorë. Burimet antropogjene janë rritja e popullsisë, zhvillimi i prodhimit bujqësor dhe industrial. Ujërat e zeza shtëpiake, industriale dhe bujqësore shkarkohen në trupat ujorë përreth.
Ndotja antropogjene ndahet në primare dhe sekondare. Në rastin primar, cilësia e mjedisit ujor përkeqësohet drejtpërdrejt për shkak të hyrjes së emetimeve ndotëse në trupat ujorë. Sekondari është shkaktuar nga një përqendrim i tepruar i produkteve të dekompozimit të kafshëve ujore të ngordhura, i cili ndodhi si rezultat i shkeljes së ekuilibrit ekologjik.
Burimet kryesore të ndotjes përfshijnë ujin e kullimit, ujërat e ndotura shtëpiake dhe industriale, kanalizimet e stuhive, ujërat e zeza nga fermat e bagëtive, fushat dhe vendbanimet, transportin pyjor përgjatë lumenjve dhe transportin e ujit.
Për shëndetin e njeriut, një rrezik i veçantë paraqitet nga ndotja e ujit nga substanca organike me toksicitet të lartë - pesticidet. Një person i përdor ato në procesin e jetës së tij. Kur zonat e mëdha pyjore dhe bujqësore trajtohen me pesticide nga aeroplanët, deri në 70% të këtyre substancave toksike mbarten nga era për qindra kilometra, duke ndotur kullonat dhe trupat ujorë. Pas reshjeve, pesticidet depërtojnë në tokë, në ujërat nëntokësore dhe më pas në liqene dhe lumenj.
Më të rrezikshmet midis pesticideve të përdorura janë përbërjet organoklorine të qëndrueshme që grumbullohen në indet e organizmave të ndryshëm. Duke qenë të përfshirë, për shembull, në zinxhirin ushqimor të organizmave ujorë, këto përbërje do të transferohen nga një nivel trofik në tjetrin. Për shembull, nëse një peshkatar kap dhe ha peshk që ushqehet me krustace planktonike që jeton në një pellg të ndotur me pesticide, helmi do të vendoset në trupin e tij. Almostshtë pothuajse e pamundur për ta hequr atë nga trupi, dhe përqendrimet e larta të helmit mund të çojnë në kancer. Gjithashtu, detergjentët sintetikë - detergjentët - kanë qëndrueshmëri të lartë biokimike. Pasi në trupat ujorë me rrjedhje toksike, ato gjithashtu grumbullohen në organizmat e banorëve ujorë dhe më pas hyjnë në trupin e njeriut.
Një rrezik i madh paraqitet nga radionuklidet që hyjnë në trupat ujorë së bashku me mbeturinat nga termocentralet, disa industri dhe anijet bërthamore. Përbërjet më toksike minerale janë plumbi, arseniku, zinku, merkuri dhe bakri. Ata hyjnë në ujë përmes reshjeve nga atmosfera, ku grumbullohen përsëri për shkak të aktivitetit njerëzor (emisionet nga ndërmarrjet industriale). Rrjedhjet e minierave janë gjithashtu të pasura me metale të rënda. Shtë e vështirë të hidhet nafta dhe derivatet e tij. Dhe vetëm disa organizma ujorë janë të aftë të përpunojnë dhe shkatërrojnë pezullimin e naftës.
